Il programma Dr.Explain implementa uno strumento speciale per modificare le annotazioni di screenshot. Permette di creare e modificare i riferimenti ai controlli e i callout numerati. Per aprire lo strumento di progettazione, bisogna semplicemente fare doppio click sull'immagine della schermata necessaria nella finestra di modifica dei contenuti.
Le schede permettono di passare da uno strumento all'altro nella finestra di progettazione: progettazione, gestione aree dei controlli, modifica degli screenshot. Le funzionalità degli strumenti parzialmente coincidono tuttavia ciascuno di essi è concentrato su un determinato aspetto della gestione dei riferimenti o delle schermate dei controlli.